『きっと、澄みわたる朝色よりも』の第二部は過去の呪縛による病との闘い。
御伽噺の伝承・前世の記憶・幼少期の想い・現在の関係が繋がっていく！！
謎を突き止め、呪縛を解き放ち、救いをもたらすことは出来るのか！？
文化祭の準備（ループ）と幼少期の想い
第一部でアララギエンド性交挿入未遂に陥ってしまったため、主人公笹丸と奉仕娘ひよの前世の孫はジジィと祖母様の絆のためにと鬼神の力でループ！ループ！を発動し、文化祭前まで巻き戻る。第二部では、他クラスの妨害工作をしている青クラスの妹の策にはまり、犯人として冤罪をきせられてしまう。幼少期に青姉妹からイジメを受けたトラウマが原因で冤罪の反論ができないひよ。そんな彼女を守るため、我等が笹丸は立ち上がる。あくまでも堂々とそして誠実にやっていないと主張する笹丸。しかし周囲の目線は厳しい。そんな中、不良連中によるひよレイプ陰謀が持ち上がる。幼少期の関係を拠り所にしていた笹丸は堪忍袋の緒が切れた。鬼神の如き強さで不良たちを殲滅していく。そんな逆上する笹丸を鎮めたのはひよであった。地下牢に打ち込まれた笹丸に一緒にくっついてきたひよ。そこで思い出すのは、幼少期の記憶であった。
はいはい幼少期回想スタートです。笹丸の実家の崇家は武道家一族であったが悪徳金融にひっかかり破産。名のある武術家であった父は酒に溺れるようになり、息子に児童虐待する毎日。笹丸はそんな日々に耐え忍ぶうちに精神崩壊し、うつろな目をして敬語を用いて諾々と父親に従うようになっていった。学校でもその性質は染み込んでいたが、ある時ひよがイジメを受けていたのに気づき、それは普段から虐待を受けてきた自分の役割だと（結果的に）庇い始めるようになる。お嬢様育ちで舌足らずであったひよはそんな笹丸にきゅんきゅんしお友達になりたいな。今まで独りであった笹丸に一瞬の光が差し込まれた。ひよとの交流の中で人間の温かみを知った笹丸は次第に感情を取り戻してゆきお友達成立。笹丸の実姉で養子に出されていた春告とその子分アララギも加わり、チーム笹丸が結成。強くなった笹丸はイジメの対象となっていたひよを救い出し、父の虐待からも武道で反逆に成功したのであった、と回想終了。地下牢処分に春告とアララギも名乗り出て仲間の大切さを再確認。、釈放後、文化祭の出し物を急ピッチで仕上げ、枯れ山に紅葉をモチーフとした飾り付けを行い、秋を取り戻して見事優勝を果たす。
人の絆に巣食う疑心暗鬼にかられる病と闘え！！
枯れ山紅葉化で優勝を果たし達成感を噛み締める笹丸一同。しかしここで問題発生、超展開へ突入か？謎の病が流行しはじめ、人里離れた学園という密室に閉じ込められる！！そこで御伽噺タイムですよ？この学園には秋になると紅葉が枯れるという伝承があった。曰く鬼の言霊により紅葉たちは優しさを見せるとその反対の発言をしてしまうようになりストレスで枯れたのだと。その病が笹丸たちが紅葉の飾りで秋を復活させてしまったがために発動してしまう。すなわち、学園生たちは自らの仲間に対して罵詈雑言を吐くようになり、それを我慢すると人体に影響がでるのだ。仲間への疑心暗鬼にかられ、仲間を思えば思うほど激痛が走る。深い絆で結ばれたチーム笹丸も例外ではなく、お互いに対して酷いことを罵ってしまう毎日。そんな時でも苦痛に耐え一言も相手を非難しなかったのはひよであった。ひよの割合は多くの部分で笹丸を占めるようになっていく。ついにひよが奉仕をする理由を恋愛感情へと結び付けることが出来た笹丸は、ひよの気持ちを受け容れる。しかし病トリガー発動し、好きだと告げるひよに対して暴言を吐き踏みにじる。
自分の行為に愕然とする笹丸は思わず逃亡。だが逃げ惑う先で病におかされ散って行く学園生たちから勇気を貰う。溢れる麗しき姉妹愛を見せる青姉妹、不良ながら改心しアララギに感謝するレイプ画策男、不良に強さを貰いひよと笹丸の恋愛にまっすぐ向き合えるようになったアララギ、自分だけ養子に出されのうのうと暮らし実弟である笹丸に負い目を抱いていた姐御の春告。みんなに励まされた笹丸はようやくひよの想いに応えることが出来た！！強制挿入寸前お預けバッドエンドループ→選択肢増加をやらされながら、心情を吐露し、とうとう破瓜と膣内射精に成功する。思い起こすのは前世の記憶、笹丸とひよはかつて夫婦でありなかなか子どもをなすことができなかった。そのため2人は鬼子と契約を結んで子をもうける。そこには様々な弊害があった。だが現代では違う！！呪縛を絶つために笹丸は救済を願い、第三部「出逢いの数だけのふれあいに、」にへと突入する。
