莉都ルートは郷土史伝奇系アクションモノ。みんなの絆で大団円！！
各ヒロインのシナリオで培った強さで運命に打ち勝て！
並行世界の想いが莉都と進矢の支えとなる。フローチャート機能が大活躍。
神凪莉都はハイスペックで実利を求め計算高く効率重視なデジタル人間。しかし幼少時の進矢との出会いが彼女を変えた。言うなれば、感情を持ったのだ。人は個であること、誰かとぶつかり合うこと、互いに友愛をかねることだと知った。そんな莉都は従来の気質ながらもどことなく人間臭さを宿していった。進矢との幼馴染としての再会後も通じ合い、不幸の債務に巻き込まれる中で情交を重ねていく。決定打になったのが、陥没地下閉鎖事件。困難に二人で立ち向かう過程でフラグが構築されるのはお約束。恋仲になると悪評を立てられ噂の根源を叩き潰すことに翻弄される。しかし、どうして進矢ばかりが不幸になるのか。それは進矢のせいではなく、神凪家が所有するこの土地全体の問題であった。ここから始まる伝奇ストーリー。
古来より、一定の地域には良いことも悪いことも起こるもの。しかしその土地をの気質を歪めて故意的に良いことしか起こらないようにした。その代償が人身御供。かつては生贄と成りし特殊能力を持つオンナが神凪と呼ばれたが、後々ひとつの家系が神凪家と呼ばれ肉体を捧げていった。神凪の女が祈ることによりその土地の幸福が左右される。タマもその生贄となったオンナのひとりであり、土に埋もれず神霊になることを祈り、それゆえ幸御魂となって人々の絆を結ぶことを選んだ。だが故意的に生み出された人身御供は現代に成るにいたって容量を超え始め歪みを生み出す。つまりはもともとこの土地は崩壊寸前にあったのである。これを解決するにはタマの依り代を見つけ出し神凪として土地を封じなければならない。各ヒロインたち、男連中の友情、力になってくれる教員らの後押しを受けつつ事件に立ち向かう。、火事に襲われる月光館、神凪本家とのバトル、土地の均衡の崩壊による災害を進矢に擦り付けてくる第三者らの糾弾での人との絆は大団円に到る。
タマの依り代がありしは、かつて進矢と莉都が転落した古井戸の底。タマと進矢の出会いもそこからだった。幼少時、莉都の指示で井戸から這い上がった進矢を待っていたのは神凪家の追及。私有地を侵したことや莉都を連れまわしたことにより、両手の神経を焼ききられ、実家の工場は潰されてしまう。一家を養えなくなった父親は首吊り自殺。そんな進矢をなんとか救ってくれたのがタマの存在であり、ぼろぼろの手を回復させ、進矢の守護霊となって不幸を引き寄せると共に、守ることにもなった。進矢の件に責任を感じた莉都は神凪家に復讐しようと出奔することになる。過去の因果は全て古井戸の中に！！依り代を見つけ出したタマは、みんなの幸福：幸御魂として光となって散っていく。みんなが幸福、ハッピーエンド。ちなみにバッドエンドのひとつに莉都の幸御魂（人間への愛情）を代償に捧げ、機械のようになった莉都と共に生きてくシナリオもあるがそれはそれでそっちも好きだぜ。寧ろ、そっちのほうが莉都との情交が垣間見れる。
